Միջատաբանության և բնահողի կենդանաբանության Միջատաբանության լաբորատորիան կազմավորվել է 1940-ական թվականներին, իսկ 1990-ականներին միավորվել է բնահողի կենդանաբանության լաբորատորիայի հետ: Լաբորատորիայի աշխատակիցները հետազոտում են Հայաստանի միջատների ֆաունան, կարգաբանությունը և էկոլոգիան: Հետազոտությունների առանցքում են ուղղաթևավորները, բզեզները, որոշ թեփուկաթևավորներ, կիսակարծրաթևավորները, երկթևանիները և այլ խմբեր: Ուսումնասիրությունների արդյունքները նպաստում են ինչպես գյուղատնտեսության համար տարբեր վնասատուների առանձնահատկությունների բացահայտմանը, այնպես էլ ՀՀ կենսաբազմազանության հստակեցմանը և պահպանության միջոցառումների մշակմանը: Լաբորատորիայի մասնագետները ակտիվորեն ներգրավված են ՀՀ Կարմիր Գրքի կազմման աշխատանքներում: Ներկայումս ֆաունիստիկ ուսումնասիրությունները ընդարձակվում են ցիտոգնետիկական և մոլեկուլային մեթոդների կիրառմամբ: Վարիչ ՝ կ.գ.թ. Մարկ Քալաշյան Մարկ Քալաշյան Լաբորատորիայի վարիչ Նոննա Գրիգորյան Կրտսեր գիտաշխատող Նորա ՀակոբյանԿրտսեր գիտաշխատող Ռուզաննա Հարությունյան Ավագ գիտաշխատող Գայանե ԿարագյանԱռաջատար գիտաշխատող Մերի Մազմանյան Կրտսեր գիտաշխատող Մարգարիտ Տիգրանյան Ավագ լաբորանտ Աիդա ԱվետիսյանԿրտսեր գիտաշխատող Տիգրան Ղռեջյան Գիտաշխատող Իննա Պիր-Բուդաղյան