Կենդանաբանության և հիդրոէկոլոգիայի գիտական կենտրոնը ստեղծվել է ՀՀ կառավարության 2006 թվականի որոշմամբ` ՀՀ ԳԱԱ կենդանաբանության և ՀՀ ԳԱԱ հիդրոէկոլոգիայի և ձկնաբանության ինստիտուտների միաձուլման ձևով վերակազմակերպման արդյունքում և այդ ինստիտուտների իրավահաջորդն է: Համաձայն կառավարության նույն որոշման և ինստիտուտների կանոնադրությունների, ինստիտուտներից յուրաքանչյուրը հանդիսանում է Կենտրոնի հիմնարար գիտահետազոտական գործունեություն իրականացնող հիմնական օղակը։
          Կենդանաբանության ինստիտուտը կենդանաբանական գիտության ոլորտում հանրապետության առաջատար կազմակերպությունն է:
          Հիդրոէկոլոգիայի և ձկնաբանության ինստիտուտը լիմնոհամակարգերի ուսումնասիրության գծով Հայաստանի և Հարավային Կովկասի միակ մասնագիտացված կազմակերպությունն է: